20世纪50年代中期，曼联在主帅巴斯比的带领下迎来了第二个巅峰。当时欧洲各国的职业足球不断发展，大量资金涌入足球比赛，使得各国球队都越来越重视联赛夺冠。曼联也不例外，他们斥巨资买下或留住了沃勒、泰勒、维兰、查尔顿等一批优秀球星英超球队缩写，并于1956年、1957年两度夺得联赛冠军。1956-1957赛季和1957-1958赛季，他们均闯入欧洲杯半决赛，首次不敌皇家马德里。在他们第二次向欧洲杯发起冲击时，一场史无前例的空难让曼联再次无缘冠军。1958年2月6日，一架满载曼联球员的飞机在慕尼黑机场坠毁，机上8名曼联球员、3名官员和8名记者全部遇难，主帅巴斯比也身受重伤。 曼联空难事件震惊了足坛，从英格兰银行到球迷，各界纷纷捐款援助，在短时间内重建了一支曼联队。由幸存者和新队员组成的曼联队在半决赛主场2：1战胜意大利AC米兰队英超球队缩写，客场却0：4落败，最终曼联再次无缘冠军。20世纪60年代中期，曼联迎来了迄今为止最辉煌的时期。此时的曼联拥有博比·查尔顿、乔治·贝斯特、丹尼斯·劳三位世界级球星，主力阵容中有6名球员的身价都超过30万英镑。
在巴斯比的指挥下，球队终于在1968年5月29日于伦敦首次夺得欧洲冠军杯，以4：1击败葡萄牙的本菲卡队。查尔顿也终于实现了在事故中丧生的队友墓前许下的誓言。曼联虽然在70年代拥有基德、罗布森、哈罗德等著名球员，但由于俱乐部管理不善、政策混乱，未能取得好成绩。1986年11月5日，亚历克斯·弗格森来到英国执教曼联，他给曼联带来了又一个春天。弗格森面对巨大的压力，没有退缩，他调整了球队的战术打法，将更多的技术元素融入到自己的球队中，而不是一味地踢传统的英式足球。 在他的悉心管理下，曼联于1990年夺得足总杯冠军，1991年夺得欧洲优胜者杯冠军和欧洲超级杯冠军，结束了英国球队23年无缘欧洲三大杯的历史。1992年，曼联夺得联赛杯冠军和联赛亚军。1993-1994赛季，曼联夺得联赛和杯赛冠军，成为英国足坛第六支在一个赛季夺得两项重大赛事冠军的球队。弗格森还被英国《足球世界》评为当年“最佳教练”，这是英国教练首次获此殊荣。 被足球专家誉为“90年代普拉蒂尼”的法国人坎通纳，是曼联队内唯一一位连续四个赛季夺得联赛冠军的球员（1990-1991赛季，为马赛队夺得法甲联赛冠军，1991-1992赛季，为利兹联队夺得英超联赛冠军，1992-1993赛季，1993-1994赛季，为曼联队夺得英超联赛冠军）。1994年，他还被评为“英格兰足球先生”，成为英格兰第一位获此殊荣的外籍球员。
他已经成为曼联的象征，每当他上场，比赛绝对精彩，球迷十分热情。1995-1996赛季和1996-1997赛季，在他的带领下，曼联连续2次夺得联赛冠军。1996-1997赛季结束后，他宣布退役英超球队缩写，这对曼联来说是一大损失。自1992-1993赛季联赛改革以来，曼联延续着辉煌的历史，除了布莱克本和阿森纳各夺冠一次外，曼联包揽了所有联赛冠军。1999年，曼联创造了三冠王（联赛、足总杯、欧洲冠军联赛）的奇迹。进入新世纪，曼联延续着辉煌。 1999-2000赛季、2000-2001赛季，以领先第二名10分以上的绝对优势连续两年夺得联赛冠军。
